La extinción del CPC se materializó tras la publicación del decreto de la reforma aprobada por la 64 Legislatura del Congreso de Oaxaca, impulsada por el grupo parlamentario de Morena; con la que se daba paso a un nuevo organismo ciudadano denominado ahora Consejo de Participación Ciudadana y en la que se le daba principalmente la atribución de que sus recomendaciones sean vinculantes; sin embargo, los integrantes del órgano que desaparecería acudieron a la ley para ampararse.

En la demanda de amparo, José Juan Flores, unos de los afectados, reclamó la totalidad del procedimiento legislativo que concluyó con la reforma a los artículos 59, fracción LXIX, 120, fracciones I, II, III, inciso e), el penúltimo y el antepenúltimo párrafo de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Oaxaca y los cinco transitorios.

En esta reforma se cambia la denominación de la Ley del Sistema Estatal de Combate a la Corrupción vigente por «Ley del Sistema Estatal de Combate a la Corrupción del Estado de Oaxaca«; la inconstitucionalidad de la reforma al artículo 120 creó un conflicto competencial entre las instancias que conforman el Sistema Estatal de Combate a la Corrupción.

También se pronunció, en la demanda contra la reforma constitucional porque pretende desaparecer al Comité de Participación Ciudadana, contra la creación del Consejo de Participación Ciudadana del Sistema Estatal de Combate a la Corrupción y contra la terminación anticipada de su encargo, la cancelación del contrato por honorarios profesionales y el impago de sus honorarios.

Además, de la falta del debido proceso deliberativo de naturaleza democrática, que dio lugar a las reformas a la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Oaxaca reclamadas, tendiente a desaparecer al Comité de Participación Ciudadana, y la violación al derecho humano de José Juan Flores a ejercer cargos públicos en condiciones de igualdad y dentro de los términos fijados en las leyes.

Las autoridades responsables de atender esta resolución del PJF son el Congreso de Oaxaca, el gobernador Alejandro Murat Hinojosa, la Secretaría General de Gobierno, la Consejería Jurídica del gobierno del estado, la Unidad de Talleres Gráficos, la Unidad del Periódico Oficial y la nueva Comisión de Selección del Consejo de Participación Ciudadana del Sistema Estatal de Combate a la Corrupción del Estado de Oaxaca, entre otras.